Susunan organisasi PPPPTK terdiri atas:
1. Kepala
2. Bagian Umum
2.1. Subbag Tata Usaha & Rumah Tangga
2.2. Subbag Tatalaksana & Kepegawaian
2.3. Subbag Keuangan
3. Bidang Program dan Informasi
3.1. Seksi Program
3.2. Seksi Data & Informasi
4. Bidang Fasilitasi Peningkatan Kompetensi;
4.1. Seksi Penyelenggaraan
4.2. Seksi Evaluasi
5. Koordinator Widyaiswara & Kelompok Jabatan Fungsional
Susunan Organisasi

